Pada hari pertama sekolah menengah pertama, Mato Kuroi kebetulan bertemu dengan Yomi Takanashi, seorang gadis pemalu yang menarik perhatiannya. Mato mencoba yang terbaik untuk membuat percakapan dengan Yomi, ingin berteman dengannya. Pada awalnya, dia dihindari, tetapi es pecah ketika Yomi kebetulan melihat burung biru dekoratif yang melekat pada telepon Mato, yang berasal dari buku "Li'l Birds At Play." Mengetahui mereka memiliki minat yang sama, keduanya membentuk persahabatan yang kuat.
Di alam semesta alternatif, gadis-gadis muda ada sebagai makhluk paralel, Mato sebagai Black★Rock Shooter, dan Yomi sebagai Dead Master. Entah bagaimana, apa yang terjadi di satu dunia tampaknya memiliki efek di dunia lain, dan tidak menyadari fakta ini, gadis-gadis tanpa sadar menjadi terjerat oleh benang takdir.
